00 CAMPUS ARISTÓTELES CALAZANS SIMÕES (CAMPUS A. C. SIMÕES) CECA - CENTRO DE CIÊNCIAS AGRÁRIAS Dissertações e Teses defendidas na UFAL - CECA
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Tipo: Dissertação
Título: Plastoma de Syagrus coronata (Martius) Beccari e análise filogenética em Arecoideae (Arecaceae)
Título(s) alternativo(s): Plastoma of Syagrus coronata (Nartius) Beccari and analysis phylogeny in Arecoideae (Arecaceae)
Autor(es): Silva, Renato Áquila Souza da
Primeiro Orientador: Almeida, Cícero Carlos de Souza
metadata.dc.contributor.referee1: Silva, Jurema Rosa Queiroz
metadata.dc.contributor.referee2: Silva, André Seco Marques da
Resumo: Syagrus coronata classificada como pertencente à família Arecaceae, subfamília Arecoideae, é uma espécie de palmeira nativa do Brasil que possui grande importância econômica, ecológica e social. O gênero Syagrus possui 59 espécies, e sua origem é datada em cerca de 27,02 milhões de anos e possui Cocos como gênero mais próximo. O objetivo do trabalho foi montar o genoma plastidial de S. coronata usando dados de NGS e realizar uma filogenia utilizando genomas completos de cloroplastos para a subfamília Arecoideae. Foram utilizados 77 milhões de Illumina single and reads de 100 pb mapeados, para obtenção do genoma de S. coronata. O genoma completo de S. coronata e outros genomas de Arecoideae disponíveis no NCBI foram usados para obtenção da filogenia para Arecoideae. O genoma de S. coronata apresentou 155.053 pb, com IRA possuindo 26.476 pb, IRB 26.647 pb, LSC com 84.410 pb e SSC com 17.520 pb. Foram identificados 90 genes, 8 rRNAs, 39 tRNAs e 30 regiões repetitivas. A comparação do genoma plastidial de S. coronata com as espécies de Arecoideae mostrou Cocos nucifera como mais próxima e Chamaedorea seifrziii como mais divergente, e análise filogenética usando os genomas plastidiais corrobora com filogenias prévias para a subfamília Arecoideae. Conclui-se que o uso de Illumina single end reads foi eficiente para sequenciar o genoma plastidial de S. coronata, e que filogenia usando genomas completos de cloroplastos apresenta similar topologia quando comparados com filogenia usando poucas regiões plastidiais e genes nucleares.
Abstract: Syagrus coronata classified as belonging to the family Arecaceae, subfamily Arecoideae, is a species of palm native to Brazil that has great economic, ecological and social importance. The genus Syagrus has 59 species, and its origin is dated to about 27.02 million years and has Cocos as its closest genus. The objective of the work was to assemble the plastidial genome of S. coronata using NGS data and perform a phylogeny using complete chloroplast genomes for the subfamily Arecoideae. A total of 77 million Illumina single end reads of 100 bp were mapped to obtain the S. coronata genome. The complete genome of S. coronata and other Arecoideae genomes available in NCBI were used to obtain the phylogeny of Arecoideae. The genome of S. coronata showed 155,053 bp, with IRA having 26,476 bp, IRB 26,647 bp, LSC with 84,410 bp e SSC with 17,520 bp. We identified 90 genes, 8 rRNAs, 39 tRNAs and 30 repetitive regions. The comparison of the plastidial genome of S. coronate with the Arecoideae species showed Cocos nucifera as the closest and Chamaedorea seifrziii as more divergent, and phylogenetic analysis using the plastid genomes corroborates with previous phylogenies for the subfamily Arecoideae. It is concluded that the use of Illumina single end reads was efficient to sequence the plastidial genome of S. coronata, and that phylogeny using complete chloroplast genomes presents similar topology when compared to phylogeny using few plastid regions and nuclear genes.
Palavras-chave: Cloroplasto
Genoma
Ouricuri
Chloroplast
Genome
CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA
Idioma: por
País: Brasil
Editor: Universidade Federal de Alagoas
Sigla da Instituição: UFAL
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Agronomia
Citação: SILVA, Renato Áquila Souza da. Plastoma de Syagrus coronata (Martius) Beccari e análise filogenética em Arecoideae (Arecaceae). 2016. 36 f. Dissertação (Mestrado em Produção vegetal) – Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós Graduação em Produção Vegetal, Universidade Federal de Alagoas, Rio Largo, 2016.
Tipo de Acesso: Acesso Aberto
URI: http://www.repositorio.ufal.br/handle/riufal/2106
Data do documento: 9-set-2016
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