00 CAMPUS ARISTÓTELES CALAZANS SIMÕES (CAMPUS A. C. SIMÕES) IQB - Instituto de Química e Biotecnologia Dissertações e Teses defendidas na UFAL - IQB
Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://www.repositorio.ufal.br/jspui/handle/riufal/3755
Tipo: Tese
Título: Diversidade genética, estrutura populacional e associação de regiões cromossômicas com a prolificidade em Capra hircus (Linnaeus, 1758)
Autor(es): Lima, Luciano Gomes de
Primeiro Orientador: Fraga, Angelina Bossi
metadata.dc.contributor.referee1: Santana, Antônio Euzébio Goulart
metadata.dc.contributor.referee2: Goulart, Henrique Fonseca
metadata.dc.contributor.referee3: Costa, João Gomes da
metadata.dc.contributor.referee4: Ribeiro Júnior, Karlos Antônio Lisboa
Resumo: A prolificidade na espécie caprina (Capra hircus) é uma característica relevante para o sistema de produção em virtude de seu forte impacto na viabilidade do rebanho e contribuição significativa para o melhoramento genético dessa espécie. Utilizando-se marcadores moleculares de última geração, Goat SNP50 Beadchip Illumina® (53,347 SNPs) foram genotipadas 127 cabras pertencentes ao plantel da Embrapa Caprinos e Ovinos em Sobral/CE visando ao estudo de diversidade genética, estrutura populacional e associação genômica ampla com a prolificidade das fêmeas. As informações eram provenientes de cabras das raças Saanen (32), Anglo Nubiana (29), Moxotó (36) e Canindé (30). Inicialmente, foi realizado o estudo de validação dessa plataforma de microarranjo para as raças locais brasileiras. O controle de qualidade foi aplicado empregando-se os seguintes critérios: Call rate (>0,98), MAF (>0,05) e HWE (>0,001) resultando na manutenção de 39.726, 36.532, 38.431 e 44.025 SNPs para as raças Anglo Nubiana, Canindé, Moxotó e Saanen, respectivamente. Os estudos de validação indicaram que o painel Goat SNP50 Beadchip foi eficiente devido a sua ampla amostragem no genoma para as raças em estudo. O estudo da diversidade genética e estrutura populacional mostraram que as heterozigosidades esperadas e observadas (He e Ho) foram similares entre si e baixas para todas as raças em estudo, dando origem a baixos coeficientes de endogamia revelando haver diversidade genética nas populações estudadas. As análises de componentes principais mostraram que os quatros grupos raciais são geneticamente distintos, entretanto, foi identificado a transferência de material genético entre eles. Nas análises de associação genômica ampla, de acordo com o Manhattan plot, considerando um treshold (limite) P-value ajustado por Bonferroni (P=0,05/Nº de marcadores) não houve a presença de SNPs significativamente associados com a prolificidade.
Abstract: Goat (Capra hircus) prolificacy is an important trait for animal production because of its great impact on viability of herd and significant contribution to breeding of this species. This study was carried out using next generation high throughout Goat SNP50 Beadchip Illumina® (53,347 SNPs) to genotype 127 goats from “Goats and Sheep Embrapa Sobral/CE” aiming to study the genetic diversity, population structural and wild genomic association with prolificacy. Information studied were from Saanen (32), Anglo Nubian (29), Moxotó (36) and Canindé (30) goats. First, validation study this genotyping microarray was carried out on high processing microarray platform (Goat SNP50 Beadchip) for Moxotó and Canindé breeds, since these were not included during the development of this tool. Control quality was applied according following criteria: Call rate (> 0.98), MAF (> 0.05) and HWE (> 0.001). After quality control, from 52,975 SNPs included, 40,401; 38,399; 41,792 and 46,502 were maintained SNPs for the studies of diversity of the Moxotó, Canindé and Anglo Nubian breeds, respectively. The results of validation study indicated that Goat SNP50 Beadchip panel was efficient, due to its extensive sampling in the genome of the populations studied. Genetic diversity study and population structural showed that expected and observed heterozygosity (He and Ho) were similar and low for all studied breeds lead law inbreeding coefficient revealing genetic diversity into the studied population. Principal component analysis showed the four breed groups were genetically different. However, transfer of genetic material was identified between each other. In genome wide association analyses, according Manhattan plot with one threshold P-value adjusted by Bonferroni (P=0.05/Nº of markers) there was no significant SNPs associated with prolificacy.
Palavras-chave: Caprinos - Prolificidade
Caprinos - Raças locais brasileiras
Genotipagem
Goats - Prolificity
Goats - Brazilian local breeds
Genotyping
Goat SNP50
CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA
Idioma: por
País: Brasil
Editor: Universidade Federal de Alagoas
Sigla da Instituição: UFAL
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia da Rede Nordeste de Biotecnologia - RENORBIO
Citação: LIMA, Luciano Gomes de. Diversidade genética, estrutura populacional e associação de regiões cromossômicas com a prolificidade em Capra hircus (Linnaeus, 1758). 2018. 145 f. Tese (Doutorado em Biotecnologia da RENORBIO) – Instituto de Química e Biotecnologia, Programa de Pós Graduação em Biotecnologia da RENORBIO, Universidade Federal de Alagoas, Maceió, 2018.
Tipo de Acesso: Acesso Aberto
URI: http://www.repositorio.ufal.br/handle/riufal/3755
Data do documento: 5-nov-2018
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