00 CAMPUS ARISTÓTELES CALAZANS SIMÕES (CAMPUS A. C. SIMÕES) CECA - CENTRO DE CIÊNCIAS AGRÁRIAS Dissertações e Teses defendidas na UFAL - CECA
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Tipo: Dissertação
Título: Variabilidade e estrutura genética de populações do begomovírus Cnidoscolus mosaic leaf deformation vírus (CnMLDV) infectando Cnidoscolus urens (L.) Arthur (Cansanção)
Título(s) alternativo(s): Genetic variability and population structure of the begomovirus Cnidoscolus mosaic leaf deformation vírus (CnMLDV) infecting Cnidoscolus urens (L.) Arthur (Cansanção)
Autor(es): Mendes, Adso Levi Soares de Figueiredo
Primeiro Orientador: Assunção, Iraildes Pereira
metadata.dc.contributor.advisor-co1: Ramos Sobrinho, Roberto
metadata.dc.contributor.referee1: Riffel, Alessandro
metadata.dc.contributor.referee2: Silva, Sarah Jacqueline Cavalcanti da
Resumo: Vírus da família Geminiviridae possuem genoma de DNA circular de fita simples encapsidado em partículas geminadas quasi-icosaédricas, sendo divididos em sete gêneros (Becurtovirus, Begomovirus, Curtovirus, Eragrovirus, Mastrevirus, Topocuvirus e Turncurtovirus) com base no tipo de inseto vetor, gama de hospedeiros, organização genômica e relacionamento filogenético. Begomovirus são transmitidos pelo complexo de espécies crípticas de mosca-branca Bemisia tabaci, e causam grandes prejuízos em culturas de importância econômica em todo o mundo. Além de plantas cultivadas, begomovírus infectam hospedeiras daninhas/silvestres que podem servir como reservatório viral. Com o objetivo de avaliar a variabilidade e estrutura genética de populações de begomovírus infectando a planta não-cultivada Cnidoscolus urens (L.) Arthur (cansanção), amostras foliares apresentando sintomas indicativos de infecção por begomovírus foram coletadas em diferentes localidades do Estado de Alagoas em 2015 e 2016. O DNA total foi extraído a partir de cada amostra e utilizado como molde para amplificação por círculo rolante (RCA), seguida de clonagem e sequenciamento. Análise de comparações pareadas de sequências nucleotídicas do DNA-A mostrou que todos os isolados pertencem a uma única espécie: Cnidoscolus mosaic leaf deformation virus (CnMLDV). Análises filogenética e de estruturação de populações mostraram a divisão dos isolados de CnMLDV em duas subpopulações (Norte e Sul), as quais apresentam altos valores de variabilidade nucleotídica. Análises de recombinação e de evolução em rede mostraram fortes evidências de eventos de recombinação ocorrendo entre isolados de CnMLDV. Finalmente, foi detectada forte pressão de seleção negativa atuando sobre os genes CP e Rep de CnMLDV. Juntos, esses resultados mostram que a alta variabilidade genética observada para os isolados CnMLDV está diretamente relacionada a eventos frequentes de recombinação ocorrendo ao longo do genoma, e que seleção purificadora atua de forma a manter a sequência de aminoácidos das proteínas virais. Além disso, mutação foi determinada como um dos principais fatores atuando na diverisificação dos isolados de CnMLDV.
Abstract: Viruses in the Family Geminiviridae have circular single-stranded DNA genome that is encapsidated into twinned quasi-icosahedral particles and are divided into four genera (Becurtovirus, Begomovirus, Curtovirus, Eragrovirus, Mastrevirus, Topocuvirus e Turncurtovirus) based on the type of insect vector, genome organization, host range and phylogenetic relationship. Begomovirus are transmitted by whiteflies within the Bemisia tabaci cryptic species complex and cause great losses in economically important crops worldwide. Besides being able to infect crop plants begomoviruses also infect weed/wild plants which serve as viral reservoir. Aiming to evaluate the genetic variability and population structure of begomoviruses infecting the non-cultivated host Cnidoscolus urens (L.) Arthur, leaf samples showing indicative symptoms of begomoviral infection were collected in different locations within Alagoas State in the years 2015 and 2016. Total DNA was extracted from each sample and used as template for rolling circle amplification (RCA) followed by cloning and sequencing. Pairwise sequence comparisons analysis of DNA-A showed that all isolates belong to a single species: Cnidoscolus mosaic leaf deformation virus (CnMLDV). Phylogenetic and population structure analyses showed that CnMLDV isolates are separated in two subpopulations (North and South) which have high nucleotide variability values. Recombination and network evolution analyses showed strong evidence of recombination events occurring between CnMLDV isolates. Finally, strong negative selection pressure acting upon CP and Rep genes of CnMLDV was detected. Taken together these results show that the high genetic variability observed in CnMLDV isolates is directly related to frequent recombination events occurring along the virus genome and that strong purifying selection acts in a way to maintain the viral proteins amino acid sequences. Furthermore, mutation was determined as one of the main factors acting in the diversification of CnMLDV isolates.
Palavras-chave: Proteção de plantas
Infecção de plantas
Begomovírus
Plantas não cultivadas
Evolução molecular
Protection of plants
Infection of plants
Plants not cultivated
Molecular evolution
CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOSSANIDADE::FITOPATOLOGIA
Idioma: por
País: Brasil
Editor: Universidade Federal de Alagoas
Sigla da Instituição: UFAL
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Proteção de Plantas
Citação: MENDES, Adso Levi Soares de Figueiredo. Variabilidade e estrutura genética de populações do begomovírus Cnidoscolus mosaic leaf deformation vírus (CnMLDV) infectando Cnidoscolus urens (L.) Arthur (Cansanção). 2017. 68 f. Dissertação (Mestrado em Proteção de Plantas) ─ Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Proteção de Plantas, Universidade Federal de Alagoas, Maceió, 2017.
Tipo de Acesso: Acesso Aberto
URI: http://www.repositorio.ufal.br/handle/riufal/2538
Data do documento: 22-Fev-2017
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