00 CAMPUS ARISTÓTELES CALAZANS SIMÕES (CAMPUS A. C. SIMÕES) IC - INSTITUTO DE COMPUTAÇÃO Dissertações e Teses defendidas na UFAL - IC
Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://www.repositorio.ufal.br/jspui/handle/riufal/816
Tipo: Dissertação
Título: Alinhamento múltiplo de proteí­nas via algoritmo genético baseado em tipos abstratos de dados.
Título(s) alternativo(s): Multiple proteins alignment by genetic algorithms based on abstract data types.
Autor(es): Santos, Danielle Furtado dos
Primeiro Orientador: Lopes, Roberta Vilhena Vieira
metadata.dc.contributor.referee1: Lopes, Manoel Agamemnon
metadata.dc.contributor.referee2: Ramalho Neto, Cicero Eduardo
metadata.dc.contributor.referee3: Carvalho, Roberto Lins de
Resumo: Este trabalho apresenta um novo modelo capaz de realizar o alinhamento múltiplo de proteí­nas utilizando algoritmo genético baseado em tipos abstratos de dados, denominado GAADT, no qual o cromossomo se dispõe em genes que por sua vez é composto de unidades elementares denominadas bases. Cada cromossomo representa um possí­vel alinhamento entre as sequências de proteínas e a adaptação do cromossomo é calculada conforme as bases se dispõem no alinhamento. O modelo se difere de outros métodos de alinhamento múltiplo por alinhar as sequências como um todo, avaliando as colunas (genes) que compõem o alinhamento (cromossomo), ao invés de alinhar sequencias duas a duas progressivamente ou hierarquicamente. As potenciais caracterí­sticas do modelo dizem respeito a estrutura de dados organizada, operações genéticas bem definidas sobre os tipos modelados e a convergência para uma solução próxima às encontradas por outras ferramentas, apesar desse algoritmo usar uma quantidade menor de conhecimento frente aos algoritmos existentes. A justificativa de que o modelo é válido foi realizada analisando sua performance com alinhamentos referência, utilizando como estudo de caso um subgrupo de famí­lias de proteí­nas.
Abstract: This works presents a new model to the multiple protein alignment problem using genetic algorithm based on abstract data types - GAADT. This model uses a structure called chromosome, which is a set of gene that in turn is composed of basic units called bases. Each chromosome is a possible alignment of the input sequences and the chromosome fitness is calculated according with the bases order in alignment. This model is different from other paradigms of multiple alignment by aligning the input sequences as a whole instead of a progressive pairwise alignment approach. Some characteristics of this model concern to the data structure, well-defined genetic operations and the convergence to a solution close to that found in other tools. The validation was performed comparing reference alignments of protein families subset with the results of the model.
Palavras-chave: Genetic algorithms
Abstract data types
Population
Chromosome
Algoritmos genético
Tipos abstratos de dados
População
Cromossomos
CNPq: CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
Idioma: por
País: BR
Editor: Universidade Federal de Alagoas
Sigla da Instituição: UFAL
metadata.dc.publisher.department: Modelagem Computacional de Conhecimento
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional de Conhecimento
Citação: SANTOS, Danielle Furtado dos. Alinhamento múltiplo de proteí­nas via algoritmo genético baseado em tipos abstratos de dados. 2008. 133 f. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional de Conhecimento) - Universidade Federal de Alagoas, Maceió, 2008.
Tipo de Acesso: Acesso Aberto
URI: http://repositorio.ufal.br/handle/riufal/816
Data do documento: 7-nov-2008
Aparece nas coleções:Dissertações e Teses defendidas na UFAL - IC

Arquivos associados a este item:
Arquivo Descrição TamanhoFormato 
Alinhamento múltiplo de proteí­nas via algoritmo genético baseado em tipos abstratos de dados.pdf1.26 MBAdobe PDFVisualizar/Abrir


Os itens no repositório estão protegidos por copyright, com todos os direitos reservados, salvo quando é indicado o contrário.